Python er limet som binder sammen datadrevne prosesser i moderne legemiddelutvikling.
Python er et åpen kildekode-programmeringsspråk som brukes bredt i farmasi, kjemi og bioinformatikk til:
Python er spesielt populært fordi det er:
I datastøttet legemiddelutvikling (CADD) brukes Python til å:
bash + pythonPython er derfor et kjerneverktøy i både undervisning, forskning og studentprosjekter.
| Prosjekt | Bruk av Python | Lenke |
|---|---|---|
| RvD5–GPR101 Binding Affinity | Analyse av sort.history-filer og MBAR ΔG-beregning | Les mer → |
| Docking med Schrödinger Glide | Automatisert behandling av resultater med Pandas og Matplotlib | Les → |
| CHARMM-GUI FEP Workflow | RMSD-analyse og hydrogenbindingsstatistikk | Les → |
De mest brukte Python-bibliotekene i CADD og farmasøytisk kjemi er:
| Bibliotek | Bruksområde | Dokumentasjon |
|---|---|---|
| NumPy | Matematikk og numeriske beregninger | numpy.org |
| Pandas | Dataanalyse og tabellhåndtering | pandas.pydata.org |
| MDAnalysis | Analyse av molekylær dynamikk | www.mdanalysis.org |
| Matplotlib / Seaborn | Plotting og visualisering | matplotlib.org |
| PLIP | Protein–ligand-interaksjonsanalyse | plip-tool.biotec.tu-dresden.de |
| Open Babel | Konvertering mellom kjemiske filformater | openbabel.org |
Dette biblioteket samler alle Python-skript som brukes eller utvikles av studenter ved Farmasøytisk institutt.
Hvert skript beskrives med formål, input/output, avhengigheter og eksempel på bruk.
| Kategori | Beskrivelse | Eksempel |
|---|---|---|
| 🔹 Analyse | RMSD, RMSF, ΔG, hydrogenbindinger | RMSD-analyse → |
| 🔹 Interaksjoner | Protein–ligand-kontakter, PLIP-rapporter | PLIP-interaksjoner → |
| 🔹 Filbehandling | Konvertering av strukturfiler | Filkonvertering (PDB↔MOL2) → |
| 🔹 Visualisering | Plotting av simuleringer og FEP-data | (kommer) |
| 🔹 Automatisering | Batch-jobber og HPC-integrasjon | (kommer) |
Følg denne malen når du legger til et nytt Python-skript:
# [Tittel på skriptet]
**Formål:** Kort beskrivelse
**Avhengigheter:** numpy, pandas, mdanalysis
**Input:** .pdb, .dcd
**Output:** .csv, .png
```python
# Eksempelkode
import MDAnalysis as mda
from MDAnalysis.analysis import rms