Student: Majd Awad
Forskningsgruppe: LIPCHEM – Legemiddelkjemi
Veiledere: [Navn på hoved- og medveileder]
Periode: 2024 – 2025
Verktøy: Schrödinger Glide (IFD), CHARMM-GUI, NAMD (λ-REMD + FEP), VMD, PLIP
Å undersøke bindingsaffiniteten til den spesialiserte pro-resolving mediatoren RvD5 mot G-protein-koblet reseptor GPR101, ved bruk av molekylær modellering og frie energi-beregninger.
Proteinpreparering:
Struktur av GPR101 ble hentet fra Protein Data Bank (PDB) og behandlet i Schrödinger Maestro.
Ligand-dokking (Induced Fit Docking):
Utført i Glide (IFD) for å modellere fleksibilitet i bindingslommen.
Systemoppsett:
Kompleks eksportert til CHARMM-GUI for solvatisering og parameterisering.
Simulering:
Utført med NAMD λ-REMD-FEP (16 λ-vinduer).
Analyse:
Beregning av ΔG med MBAR-analyse fra sort.history-filer.
🔬 Resultatene antyder at RvD5 kan virke som en potensiell endogen modulator av GPR101.
📅 Sist oppdatert: Oktober 2025
📘 Masteroppgave ved: Farmasøytisk institutt, Universitetet i Oslo
📄 Lisens: CC BY-SA 4.0