Konfigurasjonsfiler og skript for molekylærdynamikk-simuleringer med NAMD.
NAMD (Nanoscale Molecular Dynamics) er et parallelt molekylærdynamikk-program utviklet for høyytelses-simulering av store biomolekylære systemer. Det brukes mye i CADD-forskning ved Farmasøytisk institutt, UiO.
NAMD støtter:
- Periodiske randbetingelser og PME-elektrostatikk
- Temperatur- og trykkontroll (Langevin-dynamikk, barostat)
- Alchemiske frie energi-beregninger (FEP / λ-REMD)
- Integrasjon med CHARMM-GUI for systemoppsett
- equ_site_1.inp — NAMD-konfigurasjonsfil for ekvilibrering av et ligand-protein-kompleks, generert av CHARMM-GUI. Inkluderer parametre for kraftfelt, PME, Langevin-termostat, trykkontroll og alchemiske transformasjoner.