CADD-arbeid krever kombinasjon av molekylære modelleringsverktøy, simuleringsprogramvare,
visualiseringsverktøy og analyseskript. Oversikten under dekker programvare aktivt brukt
i forskning ved LIPCHEM/Farmasøytisk institutt, UiO.
| Programvare |
Bruksområde |
| CHARMM-GUI |
Membranbygging (POPC, POPE), protein-ligand-system, løsningsboks |
| CGenFF | Kraftfeltparametrisering for ikke-standardligander (CHARMM36m) |
| R.E.D. Server | RESP/ESP-ladningsberegning for egendefinerte molekyler |
| Programvare |
Bruksområde |
| GROMACS |
Primær MD-motor; NPT/NVT-simuleringer, umbrella sampling, FEP |
| NAMD |
Alternativ MD-motor, særlig for CHARMM-systemer og steered MD |
| AMBER / CPPTRAJ |
Energi- og konformasjonsanalyse, trajektorieprosessering |
| CP2K |
QM/MM-simuleringer; brukes med GROMACS-kobling |
| Programvare |
Bruksområde |
| Schrödinger Maestro |
Helintegrert CADD-plattform (lokal Ubuntu, GTX 1080) |
| Glide SP/XP |
Molekylær docking av ligander mot reseptorer |
| LigPrep |
Ligandpreparering: protonering, tautomerer, stereokjemi |
| SiteMap |
Identifikasjon og vurdering av bindingslommer |
| WaterMap |
Analyse av vannmolekylers rolle i bindingslommen |
| QikProp |
ADMET-prediksjon og farmakologiske egenskaper |
| Phase |
Farmakoformodellering og 3D-screening |
| AutoDock Vina |
Åpen kildekode docking |
| Smina |
Vina-fork med utvidede scoringfunksjoner |
| Gnina |
Docking med CNN-basert scoring |
| Programvare |
Bruksområde |
| Schrödinger FEP+ |
Alchemisk FEP for bindingsaffinitet (Desmond-motor) |
| pmx |
FEP med GROMACS; hybrid-topologier for alchemiske transformasjoner |
| GROMACS + WHAM |
Umbrella sampling og fri energiprofiler (PMF) |
| gmx_MMPBSA |
Bindingsenergi-estimering fra MD-trajektorier |
| Programvare |
Bruksområde |
| PyMOL |
Proteinvisualisering, figurer til publikasjoner |
| UCSF ChimeraX |
Avansert strukturanalyse, cryo-EM-tolkning |
| PLIP |
Automatisk analyse av protein–ligand-interaksjoner |
| VMD |
Trajektorie-visualisering og analyse fra MD |
| Programvare / Miljø |
Bruksområde |
| Python |
Analyse, visualisering, pipelinebygging |
| Jupyter |
Interaktiv notebook for kjemoinformatikk og dataanalyse |
| micromamba |
Pakkehåndtering for GROMACS-miljøer på HPC |
| SLURM |
HPC-jobstyring på Fox-klyngen (UiO, ec217) |
| Fox HPC – UiO |
UiOs HPC-klynge for tunge simuleringer |
| ORCA |
Kvantemekansk beregning (energi, spektroskopi) |
| Gaussian |
QM-beregninger og orbitaler |
| Verktøy |
Bruksområde |
| GPCRdb |
GPCR-strukturer, sekvensalignering, Ballesteros-Weinstein-nummerering |
| PDB |
Strukturhenting og eksperimentelle strukturdata |
| UniProt |
Sekvensdata og proteinfunksjon |
| ChEMBL |
Bioaktivitetsdata for ligander |
| PubChem |
Kjemiske strukturer og bioassay-data |
| BindFlow |
Workflow for bindingsaffinitetsberegninger |
| AlphaFold Server |
Strukturprediksjon av proteiner |
| SwissModel |
Homologimodellering av proteiner |
📘 Se også: Databaser · Skript og automatisering ·
Umbrella Sampling · FEP